Dla człowieka wierzącego najważniejszą pomocą duchową w cierpieniu jest modlitwa. Św. Izaak Syryjczyk pisze, że gdy człowiek cierpiący zwraca się na modlitwie do Boga, On zawsze odpowiada i nie wzdryga się współcierpieć z tym, który Go wzywa. A Orygenes uzupełnia: Tylko modlitwa jest zdolna zwyciężyć Boga.
Pomoc, jakiej Bóg udziela cierpiącemu nie zawsze polega na uzdrowieniu albo zmniejszeniu bólu. Bóg daje człowiekowi to, co w danej chwili jest dla niego najlepsze duchowo. Z tego punktu widzenia zarówno powrót do zdrowia jak i dalsze trwanie cierpienia może być dobrem. Poprzez cierpienie Bóg może udoskonalać wewnętrznie człowieka i przygotowywać go do przyjęcia jeszcze większych dóbr.
Cierpienie wymaga cierpliwości. A modlitwa ją wydoskonala. Daje wewnętrzny pokój i siłę, by je podejmować. Oczywiście, że modlitwa w cierpieniu, zarówno fizycznym, jak i psychicznym czy duchowym nie jest łatwa. Dlatego powinna być prostsza. Lepiej wtedy korzystać ze znanych formuł modlitewnych, np. różańca, litanii czy znanych modlitw ustnych. Mogą to być proste akty strzeliste wyrażające ufność, np. modlitwa s. Faustyny: Jezu, ufam Tobie, Ojcze ufam Tobie; albo modlitwa Jezusa z Ogrojca: Ojcze, bądź wola Twoja.
Jeżeli cierpienie na to pozwala, dobrze jest modlić się z Jezusem na Drodze Krzyżowej. Świadomość cierpienia Jezusa, które zbawia i świadomość, że w Jego ranach jest nasze zdrowie (Iz 53, 5) pomaga ufniej podejmować własny krzyż. Ponadto łatwiej wtedy łączyć swoje cierpienie z cierpieniem Boga-Człowieka i ofiarować je w intencji bliźnich.
W cierpieniu mogą pojawiać się sytuacje, w których człowiek wątpi, neguje obecność Boga, walczy z Nim, oskarża Go, bluźni, itd. Zauważmy, że tego typu sytuacje nie są obce Biblii. W Piśmie świętym mamy wiele przykładów modlitwy, która nie jest pokorna, ale wyraża bunt, sprzeciw, walkę. Wystarczy wspomnieć Hioba, ale także Księgę Lamentacji, czy Psalmy.
W czasie cierpienia szczególnie polecam modlitwę Psalmami. Jest wiele psalmów oddających sytuację choroby, bólu i cierpienia, np. Psalmy: 6, 7, 10, 12, 13, 17, 22, 26, 31, 35, 38, 39, 40, 41, 69… Warto również sięgać do psalmów ufności, np. Psalmy: 23, 27, 37, 42, 55, 62, 73, 84, 91, 131… Wprawdzie początkowo mogą rodzić bunt i sprzeciw, ale gdy będziemy modlić się nimi dłużej, cierpliwie, powoli będą wnosić w serca wewnętrzny pokój i ufność.
Ojcowie Kościoła zwracają uwagę na modlitwę wdzięczności. Odwołują się do słów św. Pawła: W każdym położeniu dziękujcie, taka jest bowiem wola Boża w Chrystusie Jezusie względem was (1 Tes 5, 18). Św. Paweł podkreśla, że wolą Bożą jest, byśmy dziękowali w każdym położeniu, także w cierpieniu.
Czasami cierpienie jest tak silne, że żadna modlitwa nie jest możliwa. Nie pozostaje wtedy nic innego jak trwać milcząco w obecności Bożej. Takie ufne akceptujące trwanie jest wtedy owocniejsze niż najpiękniejsze słowa.
Jeżeli nawet ono nie jest możliwe, modlitwą jest samo cierpienie. Wystarczą wtedy krótkie westchnienia albo ofiarowanie Bogu drobnych form ascezy, np. spokojne przyjęcie leku czy cierpliwość wobec personelu medycznego.
Oprócz modlitwy chorego należy jeszcze wspomnieć o mocy modlitwy wstawienniczej za cierpiących. Do takiej modlitwy zachęca Pismo Święte: Choruje ktoś wśród was? Niech sprowadzi kapłanów Kościoła, by się modlili nad nim i namaścili go olejem w imię Pana. A modlitwa pełna wiary będzie dla chorego ratunkiem i Pan go podźwignie, a jeśliby popełnił grzechy, będą mu odpuszczone. Wyznawajcie zatem sobie nawzajem grzechy, módlcie się jeden za drugiego, byście odzyskali zdrowie. Wielką moc posiada wytrwała modlitwa sprawiedliwego (Jk 5, 14nn).
Modlitwa wstawiennicza za chorych łączy się z modlitwą całego Kościoła. Jej owocem może być duchowy pokój, wewnętrzna harmonia, integracja, nadzieja, odwaga do przeżywania lęków i bólu, zdolność do przebaczenia.
Możliwe jest także całkowite uzdrowienie (zwłaszcza w czasie modlitw lub Mszy św. „wstawienniczych”). Należy jednak podkreślić, że jednorazowe uzdrowienie fizyczne nie jest celem ostatecznym. Ono jest impulsem, bodźcem, który ma prowadzić do uzdrowienia wnętrza, uzdrowienia duchowego, opartego na miłości i dalszej wewnętrznej pracy.