Wędrowny apostoł. Wkrótce papież skwapliwie wykorzystał ową ofertę. Na wiosnę 1539, niedługo po tym jak grupa ukonstytułowała się jako zakon, Diego Laynez i Piotr Faber zostali wysłani do Parmy, aby prowadzić prace misyjną na tym peryferyjnym obszarze państwa papieskiego. Mieli ożywić wiarę, zagrożoną w obliczu protestanckich reformatorów. Głosili kazania, słuchali spowiedzi i założyli Bractwo Imienia Jezus, dla którego Piotr napisał regułę życia.9 Podobne wytyczne napisał on później dla bractw założonych w Regensburgu i Kolonii.10
Ta owocna praca Piotra Fabera w Parmie została nagle przerwana kiedy to został posłany przez Pawła III z nową misją: miał towarzyszyć korpulentnemu Dr Ortiz w jego podróży przez Europę najpierw na rozmowy religijne w Worms, a następnie na sejm w Regensburgu.11 Celem tych rozmów miało być zbudowanie mostów ponad rozbieżnościami pomiędzy Protestantami a Katolikami aby zjednoczyć Europę w obliczu tureckiego zagrożenia.
Owe spotkania w Worms i sejm w Regensburgu pokazały jasno jak niepewna stała się pozycja Rzymu, jak daleko interesy książąt niemieckich były rozbieżne z interesami dworu Habsburgów i Papieża, i jak daleko reformacja już zaszła. Faberowi zabroniono rozmawiać z reformatorami. On ze swojej strony pragnął spotkać i porozmawiać z Melanchtonem.12 Wydaje się, że Faber miał do końca swojego życia nadzieję, iż luteranie i sam Luter nawrócą się.13 Poza polityczną sceną Faber był gorliwie zaangażowany w pastoralną pracę dla katolików. Używał metody wypracowanej przez grupę towarzyszy w północnych Włoszech i Rzymie. Dawał wiele rekolekcji, prowadził rozmowy duchowe, udzielał kierownictwa duchowego w czasie i poza spowiedzią. W ten sposób zdobył jasny obraz sytuacji religijnej w Niemczech. W liście do Ignacego, datowanym na 10 stycznia 1541 roku, podsumowuje w dokładny sposób ową sytuację: “Na Boga! Oby choć jeden, albo dwóch kapłanów w każdym mieście nie żyło w konkubinacie, albo w jakimś innym grzesznym stanie, znanym dla innych! Oby był choć jeden, albo dwóch kapłanów, którzy wykazywaliby pastoralną gorliwość! Nie mam wątpliwości, że wtedy, z pomocą Pana, zwykli i prości ludzie wkrótce powróciliby do Kościoła.”14 Jest jasne, że dla niego reformacja nie była teologiczną sprawą, ale przede wszystkim problemem pastoralnym – to był rzeczywisty problem Kościoła Katolickiego. Faber był przekonany, że o wiele ważniejsze niż teologiczne dysputy i religijne dyskusje była solidna katolicka reforma całego ciała: głowy i każdego członka tego ciała.15 Chociaż rozmowy religijne nie przyniosły pozytywnych efektów, zaangażowanie Fabera względem ich uczestników przyniosło zaskakujące i nieplanowane rezultaty: poprzez kontakty, które Faber zdobył dzięki swojej pastoralnej posłudze względem uczestników rozmów w Worms czy sejmu w Regensburgu, on jak i jego towarzysze cieszyli się uznaniem w ważnych politycznych i kościelnych kołach. Swoją cichą metodą i pracą za kulisami Faber pokazał drogę: nie bezpośrednia ingerencja w negocjacje, ale raczej wpływ na i formowanie negocjatorów w ich wzajemnej relacjach i w relacji do Jezusa i do Kościoła. Czynił to za pomocą środków, które opisuje Formula Instituti Towarzystwa Jezusowego (Konstytucje TJ, No. 1).
Już 27 lipca 1541 Piotr Faber wyruszył z Dr Ortizem do Hiszpanii. Przechodząc przez Szwajcarię, mógł jeszcze po raz ostatni złożyć krótką wizytę w swoim rodzinnym domu w Le Villaret. Stąd przez południową Francję dotarł do Hiszpanii. Podczas gdy Dr Ortiz prowadził rozmowy z wieloma znakomitymi osobistościami, Faber gorliwie angażował się w prace pastoralne, głoszenie kazań i dawanie rekolekcji. Na imperialnym dworze Infantki hiszpańskiej w Ocana, poznał dwóch dworskich kapelanów Don Juana Aragones i Don Alvaro Alfonso. Wkrótce zostali przyjaciółmi, a obydwaj kapelani wyrazili pragnienie nauczenia się “metody Ćwiczeń Duchownych”.16 Niestety, w 1542 roku na polecenie papieża Pawła III, Faber musiał ponownie wyruszyć do Niemiec. Miał być do dyspozycji papieskiego nuncjusza Kardynała Morone na Sejmie w Speyer.