Metoda podejmowania ważnych decyzji życiowych
Metodę podejmowania ważnych decyzji życiowych Ignacy Loyola podaje w trakcie kontemplacji drugiego tygodnia. Zakłada bowiem, że dokonywanie ważnych wyborów wymaga odpowiednich dyspozycji wewnętrznych: walki z grzechem, całkowitej wolności (por. Ćd 315) oraz radykalnego opowiedzenia się za Jezusem. Istotą ignacjańskiego wyboru jest bowiem szukaniem we wszystkim Boga i jego woli. Służy temu pierwszy tydzień Ćwiczeń, w którym rekolektant decyduje się w sposób radykalny na walkę z grzechem w swoim życiu, oraz początek drugiego tygodnia, w którym rekolektant w kontemplacji o Wołaniu Króla (Ćd 91-100) prosi o takie przyłączenie go do siebie, aby mógł we wszystkim Go naśladować, w szczególności zaś „w znoszeniu wszystkich krzywd i wszelkiej zniewagi i we wszelkim ubóstwie, tak zewnętrznym jak i duchowym, jeżeli tylko najświętszy Majestat Twój zechce mię wybrać i przyjąć do takiego rodzaju i stanu życia” (Ćd 98). Autentyzm decyzji podjętej w kontemplacji o Wołaniu Króla rekolektant potwierdza następnie w rozmyślaniu o Dwóch sztandarach (Ćd 136-148) i Trzech parach ludzi (Ćd 149-157). Przygotowanemu w ten sposób rekolektantowi Ignacy podaje „[Rozważanie służące] do poznania, o czym się ma dokonywać wybór” (Ćd 170-174), „Trzy pory, w których można dokonać wyboru rozsądnego i dobrego” (Ćd 175-188) oraz jedną „[Uwagę pomocną] do poprawy i reformy własnego życia i stanu” (Ćd 189).
„Pory wyboru”, o których mówi Ignacy, możemy interpretować – odwołując się do Soboru Watykańskiego II – jako „znaki czasu” dla dokonania ludzkich wyborów. „W ten to sposób ludzkie wydarzenia historyczne stają się znakami woli Bożej co do działania chrześcijańskiego w określonym kierunku” (M. R. Jurado SJ). Część Ćwiczeń duchownych dotycząca wyboru jest najbardziej rozbudowana (Ćd 169-189). Ignacy Loyola poświęca temu zagadnieniu tak wiele uwagi, ponieważ zdaje sobie sprawę, że od sposobu dokonania wyborów zależy kształt całego życia chrześcijańskiego.
Ignacy, będąc realistą, zdaje sobie sprawę, iż wiele osób podjęło błędne decyzje, które są dla nich przeszkodą w prowadzeniu autentycznego życia duchowego. Dla nich, na zakończenie reguł o wyborze, Autor Ćwiczeń podaje „[Uwagę pomocną] do poprawy i reformy własnego życia i stanu” (Ćd 189). Reformie życia, szczególnie zaś ludzi bogatych, służą także „Reguły rozdawania jałmużny” (Ćd 337-344).
Metoda „trzymania z Kościołem”
Jest rzeczą znamienną, że całe Ćwiczenia duchowne św. Ignacy kończy osiemnastoma „Regułami o trzymaniu z Kościołem” (Ćd 352-370). W podtytule Ignacy wyjaśnia: „Dla zachowania prawdziwej postawy, jaką powinniśmy mieć w Kościele wojującym, należy przestrzegać następujących reguł” (Ćd 352).
Ćwiczenia duchowne powstawały w pierwszej połowie XVI wieku, kiedy Kościół katolicki przeżywał wielki kryzys. Wiele Kościołów lokalnych zrywało swoje związki ze Stolicą Apostolską. W niektórych krajach rozpoczynały się wieloletnie krwawe wojny religijne, które podważyły autorytet Kościoła. „Kościół katolicki XVI stulecia był złożonym i ociężale funkcjonującym stowarzyszeniem połączonych ze sobą, ale niezależnych albo częściowo tylko zależnych instytucji, w którym papiestwo, episkopat, synody biskupów, monarchie i księstwa, rady miejskie, bractwa, kapituły katedralne, zakony, uniwersyteckie fakultety teologiczne i inne grupy społeczne chełpiły się prawami i wysuwały daleko idące żądania, co często prowadziło do wzajemnych konfliktów” (J. W. O’Malley SJ).
Św. Ignacy Loyola odczytał tę sytuację Kościoła jako wyzwanie dla siebie i założonego przez siebie zakonu. Zdawał sobie sprawę, że zranioną licznymi podziałami wspólnotę Kościoła, można leczyć jedynie dążeniem do jedności ze Stolicą Apostolską oraz miłością do Kościoła. Założony przez siebie zakon, Towarzystwo Jezusowe, oddał więc do całkowitej dyspozycji papieża.
Większość reguł o trzymaniu z Kościołem rozpoczyna się słowem „pochwalać”. Ignacy zachęca więc, aby pochwalać wszystko to, co zwolennicy Lutra, Kalwina, Melanchtona, Zwingliego oraz innych reformatorów odrzucali. I choć wiele rad Ignacego Loyoli jest odbiciem problemów Kościoła XVI, to jednak sam „duch” reguł nic nie stracił na aktualności. Wręcz przeciwnie; wobec mody na dystansowanie się od Kościoła katolickiego, zyskał dzisiaj na wartości. Zdaniem św. Ignacego, jedność z Kościołem wymaga jednak duchowej i umysłowej gotowości „do posłuszeństwa we wszystkim prawdziwej Oblubienicy Chrystusa, Pana naszego, a jest nią nasza święta Matka – Kościół hierarchiczny” (Ćd 353).
Gotowość ta posuwa się tak daleko, że zostaje wyrażona sformułowaniem, które bywa dziś odbierane jako kontrowersyjne: „Trzeba być zawsze gotowym wierzyć, że to, co ja widzę jako białe, jest czarne, jeśli tak to określi Kościół hierarchiczny. Wierzymy bowiem, że między Chrystusem, Panem naszym, Oblubieńcem, a Kościołem, Jego Oblubienicą, jest ten sam Duch, który nami rządzi i kieruje dla zbawienia dusz naszych. Bo tenże sam Duch i Pan nasz, który dał dziesięcioro przykazań, ten sam kieruje i rządzi świętą Matką naszą Kościołem” (Ćd 365).