Obiektywne spojrzenie na siebie wykaże, że nie zawsze mamy dość szczerości, odwagi, zdecydowania w odpowiedzi na Boże wezwanie, które odczytaliśmy w czasie refleksji nad sobą. Stąd kolejnym etapem modlitwy jest skrucha i żal za grzechy. Żal ten nie wypływa tylko ze wstydu czy braku zdecydowania wobec słabości. Jest raczej wewnętrznym doświadczeniem radości płynącym z wiary, z możliwości powrotu do Ojca (por. Łk 15, 11-32). Nie chodzi więc tylko o stwierdzenie winy. O wiele ważniejsza jest wiara, że Bóg nas akceptuje z wszystkimi błędami, grzechami i słabościami; że nas kocha i zbawia. Żal za grzechy nie oznacza emocjonalnej introspekcji. To nie uczuciowość, (wstyd, przygnębienie, czy inne uczucia zamykające w sobie), ale głębokie pragnienie przemiany i otwarcie na Boże miłosierdzie; otwarcie na przyszłość.
Ostatni krok rachunku sumienia jest wynikiem poprzednich. Spoglądając na wydarzenia dnia, pragniemy poznać, ku czemu mamy zwrócić serce w dniu następnym, czyli patrzymy w przyszłość, która jest nam zadana. W przyszłość patrzymy odnowionym sercem, w nadziei, ufności. Jej źródłem są nie tyle pragnienia, możliwości, siły, co wiara w działającego Ducha Świętego.
Na końcu rachunku sumienia czynimy czasem postanowienia. Należy również badać uczucia, jakie im towarzyszą. Niewłaściwymi byłyby uczucia lęku, że postanowienia nas przerastają. Nie można również oczekiwać łatwych i szybko dostrzegalnych zmian. Wierność, nawet w pozornie małych i błahych sprawach może być pierwszym krokiem w kierunku głębokiej przemiany.
Bardzo przydatne okazuje się zapisywanie wniosków z rachunku sumienia. Zwykle po zakończonej modlitwie wpadamy w wir zajęć i zapominamy o postanowieniach. Zapisywanie refleksji pozwala stwierdzić, czy pewne wnioski się powtarzają. Ponadto zapisanie myśli wymaga sprecyzowania, ukonkretnienia, co bardzo pomaga w późniejszej praktyce. Bardzo pomocny może okazać się wspomniany już Dzienniczek uczuć (zob. aneks).
Rachunek sumienia towarzyszy podświadomie właściwie cały dzień. Niemal spontanicznie wypływa z głębi strumienia świadomości na powierzchnię refleksji, bowiem jednostki życia i jednostki czasu tworzą naturalną strukturę dnia: przed lub po rozmowie, przed lub po filmie, koncercie, itd. (W. Lambert SJ). Św. Ignacy proponuje trzy pory: krótką refleksję rano; w południe, po posiłku 10 – 15 minut refleksji nad tym, co za nami i nad tym, co przed nami; wieczorem krótką chwilę przed pójściem spać. Jednak każdy powinien (metodą prób i błędów) znaleźć własny sposób i czas tej modlitwy. Warto jednak zwrócić uwagę, by wybierać czas najbardziej owocny, gdy nie jesteśmy zbyt przemęczeni. W takiej bowiem sytuacji rachunek sumienia zamiast modlitwy i czasu duchowego wzrostu, staje się dodatkowym rutynowym i nużącym obowiązkiem.